Le raccolte del museo coprono alcuni importanti aspetti naturalistici e geologici del territorio brembano: geologia, paleontologia, entomologia, avifauna e flora. Il museo nasce da una donazione di privati ricercatori locali, i quali negli anni ‘80, dopo diversi anni di ricerche, hanno deciso di offrire il loro materiale alla comunità, affinché fosse conservato per l"esposizione e lo studio. I ricercatori che avevano la meticolosa preparazione del materiale, oggetto poi di studio da parte di ricercatori mondiali, hanno in seguito collaborato, sotto la direzione del conservatore del Museo di Bergamo, all"organizzazione delle esposizioni, conclusesi con l"ingresso di questo museo nel sistema provinciale Triassico.it. La visita alle diverse sezioni si avvale anche delle spiegazioni contenute in diversi pannelli didattici illustrativi e di audioguide. Il museo è stato dedicato al sacerdote Don Enrico Caffi, illustre naturalista bergamasco nato a San Pellegrino Terme nel 1866.